O tratamento para cistite aguda é feito com antibióticos, que são escolhidos de acordo com as características do/a paciente e do agente infeccioso. Outros medicamentos, como anti-inflamatórios e antiespasmódicos, também podem ser usados para aliviar a dor e outros sintomas da cistite.
A duração do tratamento com antibióticos, no caso da cistite aguda simples, geralmente vai de 3 a 5 dias, podendo variar entre 1 dia (dose única) e 7 dias a depender da medicação receitada.
Na cistite recorrente, o tratamento é profilático e prolongado (mínimo de 6 meses). Consiste no uso contínuo de antibióticos em doses mais baixas e automedicação intermitente, com o objetivo de prevenir futuros episódios de cistite. Se, mesmo assim, a pessoa voltar a desenvolver uma infecção, pode ser dada uma vacina por via oral que fortalece o sistema imunológico. Este último tratamento geralmente dura 9 meses.
Já o tratamento para cistite intersticial (Síndrome da Bexiga Dolorosa) é bem mais complexo que o da cistite bacteriana e envolve diversos métodos, desde medicamentos antidepressivos à fisioterapia.
O tratamento para cistite pode ser feito pelo/a clínico/a geral ou médico/a de família.