Não há problema nenhum em ter começado apenas no terceiro dia (apesar que o ideal seria no primeiro dia, principalmente que começou a tomar agora), se ela tomou certinho todos os dias (não esqueceu nenhum), provavelmente não deve estar grávida, apesar que não costumamos confiar totalmente na primeira cartela do anticoncepcional, geralmente a mulher deve se cuidar com camisinha no primeiro mês... Agora o jeito é fazer o exame para gravidez.