A sertralina pode ser usada durante a gravidez, sendo considerada um medicamento seguro para ser usado na gestação. Apesar de haver poucos estudos sobre o uso da sertralina na gravidez, nenhum deles apresentou um maior risco do bebê nascer com anomalias.
De qualquer modo, é prudente minimizar o uso de medicações ao longo da gestação e por isso, a sertralina só deve ser usada durante a gravidez com orientação do psiquiatra ou ginecologista, que irá avaliar juntamente com a paciente o "custo-benefício" do uso do medicamento.