Tatuagem tem contra-indicação para indivíduos que tenham alguma alergia aos pigmentos utilizados ou já tenham alguma doença de pele (como psoríase e vitiligo). A tatuagem também é contraindicada durante a gravidez e amamentação.
Os maiores riscos de se fazer uma tatuagem estão vinculados a infecções locais na pele ou sistêmicas que envolvem o organismo todo. Hipersensibilidade na pele ou reação alérgica é comum associada aos pigmentos que são usados para colorir a tatuagem. Apesar dos efeitos entre tatuagem e câncer não estejam bem estabelecidos, alguns pigmentos e metais (mercúrio, cobalto, cromo, cádmio, manganês) foram relacionados com a possibilidade de causar câncer a longo prazo.
O uso de agulhas e/ou tintas contaminadas aumentam a possibilidade de contaminação pelos vírus da AIDS e hepatite B e C. Se o material não estiver bem esterilizado e o local ou o tatuador não seguir rigorosamente as condições de higiene, há risco de infecções cutâneas provocadas por vírus, fungos ou bactérias, alergias, abscesso, erisipela e até uma infecção generalizada, nos casos mais graves. As tintas também podem ser tóxicas e altamente alergênicas.
Pessoas tatuadas podem sentir uma dor maior e sensação de queimação local durante a realização do exame de ressonância magnética.
No caso das grávidas e das mulheres que estão amamentando, a tatuagem não é indicada para evitar que, no caso de haver alguma contaminação, o feto ou o bebê não seja infectado.
Antes de fazer uma tatuagem, é importante recolher informações sobre os locais e visitá-los, para se certificar que os tatuadores utilizam materiais descartáveis, verificar como esterilizam esses materiais e se trabalham sempre com luvas. Além disso, é fundamental verificar se as tintas e os equipamentos têm a aprovação da Anvisa no rótulo.