O cisto de Baker tem cura e na maioria dos casos não requer tratamento. Nas crianças que apresentam cisto de Baker e são tratadas sem cirurgia, metade apresentará remissão total ou parcial e, apesar do tratamento cirúrgico, a recorrência de cisto em crianças é de aproximadamente 40%.
Nas crianças com sintomas dolorosos persistentes, pode ser indicada a excisão cirúrgica. Neste caso, o procedimento é realizado com a paciente em decúbito ventral (de barriga para baixo), e é feita uma incisão atrás do joelho, por onde se disseca o cisto e retira-o.
Nos adultos, na maioria dos casos, o tratamento do cisto de Baker não exige cirurgia. A ressecção isolada do cisto de Baker normalmente é suficiente para fazer o tumor regredir. Do mesmo jeito, a aspiração e injeção local de corticosteroides é uma medida temporária, pois apresenta alta taxa de recorrência do cisto.
Sendo assim, quando se opta pelo tratamento conservador, o cisto de Baker é apenas observado. Nestes casos, pode-se fazer aspiração e infiltração de corticosteroides para trazer algum alívio.
O tratamento cirúrgico do cisto de Baker demanda priorizar a abordagem à lesão intra-articular associada, usualmente realizado por via artroscópica. Nesta cirurgia, aborda-se somente à lesão associada, pois o cisto de Baker frequentemente apresenta redução de volume ou remissão após o procedimento artroscópico.
Em casos selecionados, quando o cisto de Baker não regride e persiste causando desconforto, considera-se a ressecção aberta. Nesse caso, é feita uma incisão atrás do joelho, dissecção do cisto e remoção desde sua base. Na base, é feito um ponto de fechamento para prevenir a sua recorrência.
O tratamento do cisto de Baker deve ser orientado pelo médico ortopedista.