A pílula do dia seguinte não afeta o funcionamento da tiroide. O hormônio presente na pílula, derivado da progesterona, não interfere nos problemas da tiroide, quer seja no hipotireoidismo, quando há uma diminuição da produção dos hormônios T3 e T4, ou no hipertireoidismo, quando há um aumento na produção deles.
A pílula do dia seguinte deve ser tomada o mais cedo possível, até 72 horas após a relação sexual, quando há a suspeita de falha dos métodos usados para evitar a gravidez (contraceptivos) ou no caso de eles não terem sido usados. O seu uso frequente leva à uma diminuição da sua eficácia, por isso deve ser usada somente em uma situação de emergência. Ela impede a gravidez através de sua ação nos ovários inibindo a ovulação, dificultando o encontro do óvulo com o espermatozoide ou não permitindo a fixação do óvulo fecundado (ovócito) no útero. Não havendo contra-indicação para o seu uso por pessoas com problemas no funcionamento da tiroide.
O ginecologista é o médico indicado para orientar a melhor forma para evitar a gravidez e o endocrinologista para os problemas na tiroide.