O ciprofloxacino apresenta classificação de risco C para gravidez, isso significa que seu uso pode ser feito desde que os benefícios superem os riscos, não há evidências de má formações fetais com seu uso, então a princípio não precisa se preocupar, mas você e seu médico "comeram bola" porque todos os dois foram relapsos, você porque não contou a ele a possibilidade dessa gravidez e ele porque não perguntou.